Bagamat mahirap ay mahilig bumasa at sumulat ng mga bagay na may kabuluhan lalo na kung ito ay tungkol sa bayan, karapatang-pantao at kasarinlan ng inang-bayan. Siya ay may diwa ng paghihimagsik laban sa malupit na mananakop na Kastila. Siya rin ay nagnais na magbangon ng pamahalaang malaya na naging daan upang kanyang maitatag ang Katipunan na kakatawan sa himagsikan at upang maging wasto at panatag sa kanyang adhikaing kalayaan ng bayan. Noong 1892, matapos dakpin at ipatapon si Dr. Jose Rizal sa Dapitan, itinatag ni Bonifacio ang Katipunan o kilala rin bilang “Kataastaasan,Kagalang-galangang Katipunan ng mga Anak ng Bayan” (KKK), isang lihim na kapisanang mapanghimagsik, na di naglaon ay naging sentro ng hukbong Pilipinong mapanghimagsik.
Kasama ni Bonifacio ay sina Valentin Diaz, Deodato Arellano (bayaw ni Marcelo H. del Pilar), Teodoro Plata (bayaw ni Bonifacio), Ladislao Diwa, at ilang manggagawa sa pagtatag ng Katipunan sa Calle Azcarraga (ngayon ay Avenida Claro M. Recto) malapit sa Calle Candelaria (ngayon ay Kalye Elcano).
Sa pagtatag ng Katipunan, kinilala si Andres Bonifacio bilang “Ama ng Rebolusyon” sa Pilipinas. Si Bonifacio at ang kanyang mga kasamahan sa Katipunan ay may iisang layunin na marahil ay siyang naging dahilan upang ang kanilang pakikidigma ay maging matagumpay.
Sa Katipunan, “Supremo” ang kanyang titulo at di naglaon nang itinatag niya ang Pamahalang Mapaghimagsik ay tinawag siyang “Pangulo ng Haring Bayang Katagalugan”. Dito rin niya nakilala si Gregoria de Jesus na tinawag niyang Lakambini. Noong 23 Agosto 1896, sa maliit na baryo ng Pugad Lawin (ngayo’y Bahay Toro, Project 8, Lungsod Quezon) sa Balintawak ay tinipon nya ang mga Katipunero at isa isa’y pinunit ang kanilang mga sedula.
Andres Bonifacio 