Sa gitna ng rebolusyon, isang halalan ang naganap sa Tejeros, Cavite, sa kahilingan ng mga Katipunerong Magdalo na ang lumahok ay mula sa Cavite lamang. Nanalo sa pagka-pangulo si Emilio Aguinaldo, Lider ng Katipunang Magdalo at ang Supremo ay naihalal sa mababang posisyong Tagapangasiwa ng Panloob (Interior Director).
Dahil sa ang mga kasapi ng Magdalo ay mga may kayang tao sa hilagang-kanlurang bahagi ng Kabite at kanilang mga taga-sunod, ayaw nila kay Andres Bonifacio sapagkat ito ay isang laki sa hirap at ayaw nilang tanggapin na sila ay pinamumunuan ng isang mahirap na kagaya ng Supremo kaya’t minamaliit nila ang kakayahan nito. Nang sinubukan ng mga kasapi ng lupon ng mga Magdalo na usisain ang kakayahan ni Andrés Bonifacio na gawin ang tungkulin ng isang Tagapangasiwa ng Panloob, na ayon sa kanila ay gawain lamang ng isang abogado, nainsulto si Bonifacio. Idineklara ng Supremo, bilang pangulo ng Katipunan, na walang bisa ang naganap na eleksiyon dahilan sa pandaraya sa botohan ng mga Magdalo. Dahil dito, kinasuhan si Bonifacio ng sedisyon at pagtataksil ng mga Magdalo. Habang hindi pa naka-aalis ng Cavite, siya ay ipinahuli at ipinapatay ni Aguinaldo sa kanyang mga tauhan. Iniutos kay Mariano Noriel na ibigay ang hatol sa isang selyadong sobre kay Lazaro Makapagal. Iniutos ang pagbaril kay Bonifacio kasama ang kanyang kapatid na lalaking si Procopio Bonifacio noong 10 Mayo 1897 malapit sa Bundok Nagpatong (o Bundok Buntis).
Noong 1918, sinikap ng pamahalaan ng Pilipinas na hanapin ang labi ni Andrés Bonifacio sa Maragondon. Ayon sa isang grupo ng mga opisyal ng pamahalaan, mga dating rebelde at isang lalaking nagpakilala bilang dating kasambahay ni Bonifacio, nahanap daw ang kaniyang mga buto sa isang taniman ng kawayan noong 17 Marso 1918. Inilagay ang mga labi sa huling pamamahala ng Pambansang Aklatan ng Pilipinas, at itinipon ito sa Lumang Gusaling Batasan (ang kasalukuyang Pambansang Museo ng Pilipinas) hanggang sa nawala ang urna noong panahon ng Labanan sa Maynila ng 1945. (http://tl.wikipedia.org/wiki/Andr%C3%A9s_Bonifacio)
Andres Bonifacio 